To detect five different avian Eimeria species, we applied the SYBR Green-based real-time polymerase chain reaction (PCR) assay for the diagnosis of field-isolated parasites by using their individual species-specific primer sets. The primer sets were originally designed for Eimeria acervulina, E. brunetti, E. necatrix, and E. tenella based on the sequence of the internal transcribed spacer 1 region of ribosomal DNA, whereas for E. maxima the primer sets were derived from sequences reported previously. The detection limit of these assays was defined at 10² or 10¹ oocysts depending on species. Melting curves from the real-time PCR assay showed that each species has a single peak and specific melting temperature value. Fecal samples from 32 poultry farms, which were endemic for coccidiosis, were examined using this assay. The data showed that E. brunetti was found in 21 farms, E. maxima and E. necatrix in 16 farms, E. tenella in 12 farms, and E. acervulina in eight farms. This survey revealed that E. brunetti was highly prevalent in Japan. This technique is not only easy and rapid but also available to detect Eimeria species specifically; therefore, it can be a valuable tool for diagnostic work for chicken coccidiosis.

Abbreviations: bp = base pair(s); EA = Eimeria acervulina; EB = Eimeria brunetti; EM = Eimeria maxima; EN = Eimeria necatrix; ET = Eimeria tenella; ITS = internal transcribed spacer; OPG = oocysts per gram; PCR = polymerase chain reaction; rRNA = ribosomal RNA; Tm = melting temperature

Detección de cinco especies de Eimerias aviares mediante la prueba de reacción en cadena por la polimerasa en tiempo real específica de especie.

Para detectar cinco especies diferentes de Eimeria, se utilizó el método SYBR Green, basado en la prueba de reacción en cadena por la polimerasa (PCR por sus siglas en Inglés) en tiempo real para el diagnóstico de parásitos aislados de casos de campo usando grupos de iniciadores individuales específicos de especie. Los iniciadores fueron originalmente diseñados para E. acervulina, E. brunetti, E. necatrix, y E. tenella basados en la transcripción de la secuencia del espacio de la región interna 1 del DNA ribosomal, mientras que para E. maxima los iniciadores se derivaron de secuencias reportadas anteriormente. La detección límite de esta prueba fue definida como 10² ó 10¹ ooquistes dependiendo de la especie. El punto de fusión de las curvas del PCR en tiempo real mostró que cada especie tiene un pico particular o único y un valor de temperatura del punto de fusión específico. Con esta prueba se examinaron muestras de heces de 32 granjas avícolas comerciales que eran endémicas para coccidiosis. Los resultados mostraron que E. brunetti fue encontrada en 21 granjas, E. maxima y E. necatrix en 16, E. tenella en 12 y E. acervulina en 8. Esta encuesta reveló que